Vịnh San Francisco là nơi thu hút cho những tay chèo thuyền, cũng như lướt ván và lướt ván diều. Nguyên nhân là do có gió mạnh thổi liên tục theo hướng tây/tây bắc - gió ở mức Beaufort 6 (15-25 hải lý một giờ, 8-13 m/s) rất phổ biến vào những buổi chiều mùa hè - cũng như được sự bảo vệ khỏi đại dương rộng lớn. Du thuyền buồm và đua thuyền là các hoạt động giải trí phổ biến, và Vùng Vịnh San Francisco cũng là nơi có nhiều thuỷ thủ nổi tiếng hàng đầu thế giới.

Đường dành cho xe đạp và lối đi dành cho người đi bộ dọc theo bờ biển được biết đến với tên gọi Đường mòn Vịnh San Francisco, kéo dài và bao quanh rìa vịnh.

Đường mòn San Francisco Bay Area Water, một mạng lưới các điểm bắt đầu và kết thúc các chuyến đi thuyền, cho người sử dụng thuyền nhỏ không có động cơ (như thuyền kayakers) ngày càng được xây dựng nhiều xung quanh vịnh. Các công viên và các khu bảo tồn xung quanh vịnh bao gồm khu bảo tồn sinh thái Eden Landing, Đường bờ biển Hayward, Khu bảo tồn Động vật Hoang dã Quốc gia Don Edwards San Francisco, Trung tâm Thông tin Hayward Shoreline, Bãi biển Tiểu bang Memorial Crown, Công Viên Tiểu bang Eastshore, Đường bờ biển Point Isabel, Đường bờ biển Đảo Brooks, và Công viên César Chávez.

Đường mòn San Francisco Bay Area Water là một hệ thống quy hoạch được thiết kế nhằm nâng cao khả năng tiếp cận đến vịnh của thuyền nhỏ không có động cơ. Quỹ Bảo tồn bờ biển California đã thông qua kế hoạch tài trợ vào tháng 3 năm 2011 để bắt đầu thực hiện hện thống đường mòn này.